南京农业大学有作物学、植物保护、农业资源与环境、兽医学、食品科学与工程、农林经济管理、现代园艺科学、农业信息学等王牌专业。
王牌专业一级学科国家重点学科：作物学、植物保护、农业资源利用、兽医学。
二级学科国家重点学科：蔬菜学、农业经济管理、土地资源管理。
国家重点(培育)学科：食品科学。
十二五期间一级学科省重点学科：科学技术史、畜牧学、公共管理、生态学、草学。
二级学科省重点学科：植物学、微生物学、科学技术史、食品科学、果树学、植物营养学、动物营养与饲料科学、基础兽医学、临床兽医学、土地资源与管理、生物信息学、农村发展、植物检疫与生物安全、农业信息学。
南京农业大学包含的专业| 本科专业 |
| 植物保护 |
| 农业资源与环境、环境科学、生态学、环境工程 |
| 园艺、园林、风景园林、中药学、设施农业科学与工程 |
| 动物科学、水产养殖学 |
| 动物医学、动物药学 |
| 农林经济管理、国际经济与贸易、市场营销、电子商务、 |
| 食品科学与工程、生物工程、食品质量与安全 |
| 信息管理与信息系统、计算机科学与技术、网络工程 |
| 土地资源管理、行政管理、人文地理与城乡规划、人力资源管理、劳动与社会保障 |
| 英语语言文学、日语语言文学 |
| 旅游管理、公共事业管理、法学、社会学、农村区域发展、表演 |
| 信息与计算科学、应用化学、统计学 |
| 生物科学、生物技术 |
| 草业科学 |
| 金融学、会计学、投资学 |
| 农业机械化及其自动化、交通运输、工业设计、机械设计制造及其自动化、农业电气化、电子信息科学与技术、自动化、工业工程、工程管理、物流工程、车辆工程、材料成型及控制工程 |
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